Bea (Rose Byrne), die de verhalen van haar konijnenvriendjes neerschrijft, is gevallen voor de charmes van haar buurman Thomas (Domhnall Gleeson) en de twee stappen in het huwelijksbootje. Aanvankelijk konden Thomas en Peter het niet goed met elkaar vinden, maar om Bea gelukkig te maken, beloven de rivaliserende tomatenliefhebbers om de strijdbijl te begraven en de vruchten van Thomas en Bea’s tuin te delen.
Bovendien blijken Bea’s verhalen over Peter Rabbit heel populair. Peter geniet van zijn 15 minuten roem, maar merkt dat hij door de boeken zijn reputatie als eigenwijs en ondeugend maar moeilijk van zich af kan schudden. Wanneer hij een oude vriend van zijn vader, een louche konijn genaamd Barnabas, tegen het lijf loopt, beslist hij van huis weg te lopen.
